1.7 Udvidelsespakker

En af de store styrker ved et system som R, er en næsten uendelig mængde af uvidelsespakker, som sikrer at R kan løse stort set alle tænkelige opgaver inden for alle områder af dataanalyse. Bla. kommer vi til at benytte en udvidelsespakke når vi skal fremstille grafer, og en anden når vi skal til at lave multivariat statistisk analyse.

Når man skal benytte en udvidelsespakke så er der to trin:

1. Pakken skal installeres - dette skal gøres en gang for alle
2. Hver gang man starter R, skal pakken indlæses - dette kan evt. automatiseres.

Installation af udvidelsespakker

I R installeres udvidelsespakker normalt med kommandoen install.packages(pkgs="navn på pakken"). install.packages() skal kun køres en gang, så det kan med fordel skrives i konsollen, og bør ikke indsættes i en script-fil, som jo typisk køres mange gange. Når man installerer udvidelsespakker kommer der typisk en masse rød tekst i konsollen. Dette er ikke nødvendigvis en fejl - med mindre der står noget med “error” i teksten. Det afgørende er, om man efterfølgende kan indlæse pakken, uden at få en fejl (se herunder).

Indlæsning af udvidelsespakker

Efter at pakken er installeret, kan den indlæses med kommandoen library(package=navn på pakken). Bemærk her skal ikke anførselstegn om pakkens navn. Denne kommando skal køres hver gang man (gen)starter RStudio, og kan evt. indsættes i starten af de script-filer hvor udvidelsespakken skal benyttes.

Indlæsning af udvidelsespakker sker typisk i starten af ens script-fil, som f.eks. kan se ud som vist her:

library(ggplot2)
library(jtools)
#og her kommer så resten af den kode man skal bruge i sit script.

Der kommer ofte ikke noget output når man indlæser en udvidelsespakke. Det vigtige er, at man ikke får en fejl som f.eks. her:

library(ggplot3)

Error in `library()`:
! there is no package called 'ggplot3'

Hvis man får en fejl er der to forklaringer:

• Enten har man skrevet pakkens navn forkert

• Eller man har ikke installeret den. I så fald skal man tilbage til starten af denne side, dvs. man skal køre install.packages("navn på pakken") i konsollen.

Pakker til brug i dette kursus:

Nedenstående installerer de udvidelsespakker vi skal bruge i dette kursus. Det kan evt. tage lidt tid:

#installer først de nødvendige standardpakker (dem du allerede har installeret kan du udelade)
install.packages(c("dplyr","effects","ggplot2","ggfortify","jtools"))